国家兽医微生物耐药性风险评估实验室依托兽医药理研究室、广东省兽药研制与安全评价重点实验室、国家兽药残留基准实验室、国家兽药安全评价（环境评估）实验室和广东省高校兽药创新工程技术研究中心等五个实验室/研究中心，于2014年获得国家发改委、农业部批准立项，旨在提高我国畜禽病原菌耐药性风险评估与控制的理论与技术水平，促进畜禽健康养殖发展，增强我国动物源食品的贸易竞争力，提升我国在该领域的研究水平和国际学术地位。

实验室依托兽医学国家重点学科、兽医药理学广东省重点学科，主要开展以下三个方面的研究：畜禽重要病原菌耐药性监测、耐药分子机制及传播机制研究、抗耐药菌新兽药研发。在兽医药理学、兽医微生物学、分子生物学、生物化学等学科交叉融合的基础上，开展多学科间的合作，着重从流行病学和分子水平评估耐药菌的产生和传播对健康养殖、环境卫生、和人类健康的风险；从分子水平阐明畜禽重要病原菌耐药性产生机制及耐药性传播机制，以及多药耐药外排泵调控机制，进而开发针对耐药菌的新兽药复方制剂/剂型及外排泵抑制剂。目前在耐药性水平传播分子机制研究领域形成了一定特色和优势，获得了一些有影响力的研究成果。团队成员在国际上首次发现了质粒介导的黏菌素耐药基因mcr-1，相关成果发表于国际著名期刊《Lancet Infect Dis》（IF=21.372），并首次发现mcr-1基因通过杂合质粒与碳青霉烯耐药基因bla_NDM-5共传播，相关成果发表在Nature子刊《Nature Microbiology》杂志，引起了国内外的广泛关注。刘雅红教授牵头的“兽医微生物耐药性创新研究团队”2017年入选为科技部创新人才推进计划重点领域创新团队。

实验室现有固定人员26人，其中教授（研究员）13人，长江学者特聘教授1人、国家杰出青年科学基金获得者2人、科技部中青年科技创新领军人才2人、广东省高等学校特聘教授（珠江学者）3人、教育部“新世纪百千万人才工程”国家级培养对象2 人、广东省千百十人才工程国家级培养对象2 人。实验室设有基础兽医学一级学科硕士点、博士点和博士后流动站，共有博士生导师10人、硕士生导师19人。

实验室现任主任为刘雅红教授，副主任为蒋红霞教授、孙永学教授、刘健华教授。